Le 25 avril 1838, la Société des Vingt-et-un apprête une goélette pour partir à la conquête du Saguenay, alors sous le monopole de Compagnie de la Baie d’Hudson. Cette équipée de 27 hommes fait d’abord escale à l’Anse-aux-petites-Îles, entre Tadoussac et l’Anse Saint-Étienne, pour y débarquer un groupe de bûcherons qui y construit le premier moulin à scie sur le Saguenay. L’expédition ainsi délestée poursuit son chemin jusqu’à l’Anse-au-Cheval, située en face de la Baie Saint-Marguerite, où un second moulin est construit. On y attend le départ des glaces, ce qui prend un mois. Puis, le reste de l’équipage poursuit son voyage qui l’amène à la colonisation de L’Anse-Saint-Jean et la Baie des Ha! Ha!
Les deux premiers arrêts de la Société des Vingt-et-un se font donc dans deux anses sur le territoire de Petit-Saguenay. Ces installations de sciage sont de courte durée, puisque les moulins étaient conçus pour être facilement déplaçables en fonction de la disponibilité de la ressource. À l’époque, c’est le pin qui est abondant sur le territoire et qu’on abat en priorité. Ces deux anses ne sont toutefois jamais habitées de façon permanente, bien qu’elles soient visitées par des curés qui recensent 8 hommes aux Petites-Îles et 2 hommes à l’Anse-au-Cheval en 1839. C’est plutôt du côté de l’Anse de Petit-Saguenay et de l’Anse Saint-Étienne que les futurs efforts de colonisation se déploient à Petit-Saguenay.
Au début de la colonisation de la vallée de la rivière Petit-Saguenay, quelques familles amérindiennes et métis sont établies et vivent de chasse et de pêche. François Guay, un homme d’affaires de La Malbaie, arrive sur place en 1844 et construit un moulin à scie à 3 kilomètres de l’embouchure de la rivière Petit-Saguenay. Cette installation est toutefois assez rudimentaire et ne permet que de faire travailler quelques bûcherons. Le premier missionnaire de ce qu’on nomme alors le poste de Petit-Saguenay, le Père Flavin Durocher, y recense 7 personnes à l’automne 1844, toutes originaires de La Malbaie.
En 1848, François Guay revend son moulin à William Price qui, avec l’acquisition des moulins de la Société des Vingt-et-un en 1842, est désormais en position de monopole dans la région. Compte tenu de l’état des installations, William Price fait reconstruire complètement le moulin et fait installer une écluse, une glissoire à billots et une estacade. La capacité de production du moulin ainsi accrue à 1 000 billots permet de faire venir plusieurs travailleurs sur place. Afin de les nourrir, William Price fait défricher une ferme à l’emplacement actuel du village.
Il confie ensuite la gestion de l’établissement à son fils David Edward, qui en fera le cœur administratif de la compagnie Price, émettant sur place les fameux pitons avec lesquels on rémunérait les travailleurs et qui n’étaient échangeables que dans les magasins de la compagnie. La colonie de Petit-Saguenay connait alors un essor important : on recense sur place plus de 250 personnes en 1851, dont une grande majorité de travailleurs de chantier sans leur famille. Quelques années plus tard, lorsque les forêts de pins blancs sont épuisées, la production cesse abruptement, la ferme est vendue à Tiburce Bergeron et le moulin est abandonné, puis rasé par un incendie.
Dans la deuxième moitié du 19e siècle, la colonie agro-forestière se déplace donc dans la vallée de la rivière Petit-Saguenay. On retrouve à cette époque la famille Paul Gagné et Delina Tremblay au quai, qui se déplace plus tard au Cabanage – lieu entre Petit-Saguenay et L’Anse-Saint-Jean, nommé ainsi à cause de la présence de cabanes de trappeurs amérindiens et métis – où la famille de Charles Bernier et Osithée Landry est déjà installée. La famille d’Hippolyte (dit Pierriche) Tremblay et Phébée Lévesque, ainsi que celle de Job Tremblay et Célanire Bernier sont quant à elles établies à l’embouchure de la rivière Cabanage, où Hippolyte construit à cette époque un moulin pour scier le bois nécessaire à la construction des maisons ainsi que pour moudre le grain et la farine. Le village de Petit-Saguenay est né.
